Er zijn enkele uitzonderingen van medisch ingrijpen, waarbij er geen sprake is van een opzettelijke abortus (een directe abortus in klassieke terminologie), maar waarbij deze het indirecte gevolg, in de zin van een neveneffect is van een andere, noodzakelijke behandeling (een indirecte abortus). Dit kan bijvoorbeeld het geval zijn wanneer er een acute noodzaak is tot een opereren in de buik van de moeder, zoals na een acute buikvliesontsteking, een maagperforatie en een (blinde) darmperforatie. Het ongeboren kind kan bij een dergelijke operatie gevaar lopen, maar niet opereren zou een nog groter risico met zich meebrengen voor moeder én kind. In een dergelijk geval is het gevaar dat het kind loopt een secundair, onbedoeld effect. Het gaat dan om een indirecte abortus als neveneffect, die kan worden gerechtvaardigd op basis van het principe van de handeling met dubbel effect (vgl. Hoofdstuk I.2.2.6.2.). Een handeling met dubbel effect heeft een beoogd effect, hier het levensbehoud van de moeder, en een niet beoogd, maar willen en wetens toegelaten neveneffect, de dood van de ongeborene.

Van een handeling met dubbel effect kan ook sprake zijn wanneer geopereerd wordt bij constatering van een ectopische zwangerschap. Dit is een zwangerschap waarbij het embryo zich buiten de baarmoeder heeft geïmplanteerd, meestal in de eileider (tubaire zwangerschap), maar ook in de buikholte van de moeder, het ovarium of de baarmoederhals. Zo’n embryo heeft geen of nauwelijks overlevingskans en kan een bedreiging vormen voor de gezondheid van de moeder. In zulke gevallen stelt zich de vraag of medisch ingrijpen met als gevolg de dood van het ongeboren kind kan worden gekwalificeerd als een directe of een indirecte abortus. Hierover bestond in het verleden verschil van mening onder katholieke moraaltheologen. O’Donnell meent dat er bij het wegnemen van (een gedeelte) van de eileider (salpingectomie) waarin zich de foetus heeft genesteld, sprake is van een indirecte abortus: de operatie komt neer op een verwijdering van (een deel van) de eileider met als neveneffect de dood van de foetus. Bij het intact laten van de eileider en het alleen verwijderen van de foetus uit de eileider is volgens hem sprake van een directe abortus [1: T.J. O’Donnell. Medicine and christian morality. 2e, herziene ed. ed., New York Alba House, 1998, 162-167.]. Wel acht hij het mogelijk om van een indirecte abortus te spreken wanneer een incisie wordt aangebracht in de eileider (salpingotomie), waardoor de aangetaste weefsellaag van de eileider samen met de foetus kan worden verwijderd, en later de eileider wordt dichtgehecht in de hoop haar te kunnen behouden.

Ashley, Deblois en O’Rourke (blz 82) achten de heden toegepaste methode aanvaardbaar, waarbij men probeert met methotrexaat de pathologie te behandelen, die wordt veroorzaakt door de innesteling van de bevruchte eicel op een abnormale plaats [2: B.M. Ashley, J.K. de Blois and K. O’Rourke. Health Care Ethics. A Catholic Theological Analysis. 5th ed., Washington D.C. : Georgetown University Press, 2006.]. De methotrexaat kan systematisch worden toegediend door middel van intramusculaire injecties of lokaal worden geïnjecteerd door middel van een transvaginale punctie. Methotrexaat remt de celdeling en daardoor de groei van de trofoblast, dat gedeelte van het embryo dat zorgt voor de innesteling van het embryo en zich later tot de placenta ontwikkelt [3: G.S. Kooi and H.C.L.V. Kock. De behandeling met methotrexaat wegens tubaire graviditeit. Nederlands Tijdschrift voor Geneeskunde, 1987, 131, 51, 2359-2364.]. Het ingroeien van de trofoblast in het slijmvlies van de eileider brengt het risico met zich mee dat bloedvaten scheuren en een levensbedreigende interne bloeding ontstaat bij de moeder. Dit kan zowel de moeder als het kind het leven kosten. De gedachte is dat niet de foetus opzettelijk wordt gedood, maar dat het pathologisch weefsel van de trofoblast dat in het slijmvlies van de eileider binnendringt, wordt gereduceerd, met als neveneffect de dood van de foetus.

Wanneer het gaat om een indirecte abortus zal alles gedaan moeten worden, om zowel het leven van de moeder als het leven van het embryo te redden. Alleen indien vaststaat dat het embryo geen enkele overlevingskans heeft en wanneer tevens het leven van de moeder ernstig wordt bedreigd, is er sprake van een aanvaardbare bespoediging van het levenseinde van het embryo als gevolg van het medisch ingrijpen, bedoeld om het leven van de moeder te beschermen. [4: G. Grisez. Abortion: the Myths, the Realities, and the Arguments. New York: Corpus Books, 1970.]

In sommige gevallen waarbij sprake is van een ectopische zwangerschap kan besloten worden af te wachten tot het embryo op natuurlijke wijze overlijdt. Tenslotte zijn enkele – zeer zeldzame – gevallen bekend, waarbij een embryo overleefde na een zwangerschap in de buikholte en een bevalling met behulp van een keizersnede [5: R. Varma, L. Mascarenhas and D. James. Successful outcome of advanced abdominal pregnancy with exclusive omental insertion. Ultrasound Obstet Gynecol. 2003/02/26 ed., 2003, 21, 2, 192-194, 10.1002/uog.25; G. Masukume, E. Sengurayi, A. Muchara, E. Mucheni, W. Ndebele and S. Ngwenya. Full-term abdominal extrauterine pregnancy complicated by post-operative ascites with successful outcome: a case report. J Med Case Rep. 2013/01/11 ed., 2013, 7, 10, 10.1186/1752-1947-7-10.]. Bij een dergelijke vorm van ectopische zwangerschap dienen vooraf de overlevingskansen voor het embryo en de risico’s voor de moeder zeer zorgvuldig te worden onderzocht en besproken.